El Castillo de Viñuelas luce las gárgolas, pináculos y otros elementos de la iglesia de San Francisco./El Adelantado

El Ayuntamiento de Cuéllar ha iniciado un inventario de los restos, muebles o inmuebles, que habiendo pertenecido al municipio se encuentran repartidos por diferentes partes del mundo, centrándose en los relativos a la iglesia de San Francisco. El trabajo consistirá en la obtención de la mayor información posible de las diferentes piezas u objetos, creación de un inventario y consecución de la mayor documentación gráfica posible de los mismos.
La dispersión de este patrimonio se extiende desde la ciudad de Segovia hasta Estados Unidos pasando por Madrid.
Así en Segovia se encuentran algunos restos en el Museo Provincial y en la Catedral como tablas y lienzos de la iglesia del convento de San Francisco, el púlpito actualmente instalado en la Catedral, varias piezas de alabastro y los tarros de farmacia que tuvo la botica del convento.
En Valladolid también hay restos de los enterramientos de los duques de Alburquerque y su familia.
En Madrid, el Museo Arqueológico Nacional, Museo del Prado, el Museo Lázaro Galdiano o la Biblioteca Nacional también guardan libros, azulejos, tablas pintadas o el propio sello del Concejo de Cuéllar.
En Barcelona, el museo Federico Marés conserva una Virgen sedente y un relieve de un ángel de la iglesia de San Francisco.
Destacan por su cantidad y calidad los restos de la iglesia de San Francisco que se vendieron y trasladaron a principios del siglo XX al Castillo de Viñuelas en el municipio de Colmenar Viejo, es el caso de las gárgolas y los pináculos.

New York

En Nueva York, el Museo de la Hispanic Society of America conserva restos de los sepulcros de alabastro de la iglesia de San Francisco de Gutierre de la Cueva y Mencía Enríquez de Toledo (llevadas en 1906). Algunas piezas se utilizaron en Miami junto con el claustro de Sacramenia.
En Providence, en el Museo of Art de la Rhode Island School of Design se expone un panel de tres piezas con dos ángeles tenantes del escudo de los Mendoza, así como un fragmento de la cama del sepulcro.
En Alemania, el Museo Gemäldegalerie de Berlín cuenta con un lienzo de Moroni (1560) en el que pinta a Gabriel de la Cueva y Toledo, III Duque de Alburquerque.
Con el proyecto se trata de localizar otras piezas desaparecidas de San Francisco, como el denominado "Tesoro de San Francisco", unas pinturas que hasta 1840 se conservaban en el claustro. Eran tres grandes lienzos con reproducciones de la vida de San Francisco, del pintor Gil de Mena. También se desconoce el paradero del sepulcro central del primer duque y su segunda y tercera mujer, una “escalera colgada” y la reja que cerraba el crucero y la capilla mayor que pudo realizar el maestro rejero Fray Francisco de Salamanca en 1.508.